Fakultas Agama Islam Universitas Muhammadiyah Purwokerto (UM Purwokerto) awalnya dikenal sebagai Fakultas Tarbiyah Institut Agama Islam Muhammadiyah (IAIM) Purwokerto. Fakultas ini didirikan pada tanggal 15 September 1980 oleh Pimpinan Muhammadiyah Banyumas, dengan Pejabat Dekan Drs. M. Dailamy Sp., yang juga merupakan dosen Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Kalijaga Purwokerto. Pendiriannya diresmikan melalui Surat Keputusan (SK) Pimpinan Muhammadiyah Daerah Banyumas No.: A-1/018/1980, tanggal 18 Romadlon 1400 H (30 Juli 1980 M). Para pendirinya adalah Drs. Muhammad Dailamy Sp., Drs. Sukidi, Drs. Usman, M. Hatta, Drs. Mawardi Asy’ari, dan Drs. A. Gani Ibrahim.
Setelah tiga tahun berdiri, Fakultas Tarbiyah tersebut mengajukan status terdaftar kepada Direktur Pembinaan Perguruan Tinggi Agama Islam Departemen Agama Republik Indonesia. Namun, dengan surat tertanggal 20 September 1983 No.: E.III/PP.00.9/K.3290/83, Direktur Pembinaan Perguruan Tinggi Agama Islam Departemen Agama Republik Indonesia tidak memberikan status terdaftar Fakultas Tarbiyah tersebut karena beberapa alasan, antara lain:
Jumlah mahasiswa pada setiap tingkat pendidikan belum memenuhi syarat.
Sumber daya keuangan untuk pembiayaan dan pengembangan Fakultas belum memadai.
Masalah induk Fakultas Tarbiyah ini perlu diselesaikan terlebih dahulu. Jika IAIM di Purwokerto belum berdiri, sebaiknya Fakultas Tarbiyah tersebut berinduk ke Universitas Muhammadiyah Surakarta.
Sebagai respons terhadap surat tersebut, Ketua Yayasan Pembina IKIP Muhammadiyah dan IAIM Purwokerto berusaha mencari solusi. Salah satu upaya yang dilakukan adalah penggabungan dengan IKIP Muhammadiyah Purwokerto. Melalui SK Rektor IKIP Muhammadiyah Purwokerto No.: E-2/431-K/IKIPM/X/1984 tertanggal 25 Muharam 1405 H, yang dikuatkan dengan SK Ketua Badan Pembina IKIP Muhammadiyah Purwokerto No.: A-2/33/1V/85 tanggal 1 April 1985, maka Fakultas Tarbiyah IAIM Purwokerto resmi berubah nama menjadi Fakultas Tarbiyah IKIP Muhammadiyah Purwokerto. Alamatnya juga berpindah dari Jl. Overste Isdiman 11/20 Purwokerto ke Jl. Dr. Angka No. 1 Purwokerto.
Namun, berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Pendidikan Tinggi Depdikbud Republik Indonesia No. 345/DIKTI/Kep/1995 tertanggal 26 Juli 1995, IKIP Muhammadiyah Purwokerto berubah menjadi Universitas Muhammadiyah Purwokerto, dan Fakultas Tarbiyah diubah menjadi Fakultas Agama Islam.
Fakultas Agama Islam di UM Purwokerto saat ini memiliki program studi berikut:
Pendidikan Agama Islam S1 dengan SK pendirian program studi dari Direktur Jenderal Pendidikan Islam No. DJ.1/385/2008. Program studi Pendidikan Agama Islam S1 ini memiliki akreditasi B dengan SK BAN-PT No. 1017/SK/BAN-PT/Akred/S/IX/2015 tanggal 26 September 2015.
Hukum Ekonomi Syariah S1 dengan SK pendirian program studi dari Direktur Jenderal Pendidikan Islam No. DJ.1/54/2011. Program studi Hukum Ekonomi Syariah S1 ini memiliki akreditasi B dengan SK BAN-PT No. 168/SK/BAN-PT/Akred/S/VI/2014 tanggal 6 Juni 2014.
Magister Agama Islam yang memiliki akreditasi Baik dengan SK No. 10729/SK/BAN-PT/Ak-PKP/M/IX/2021 tanggal 08 September 2021.